で、最初の問題 3.3V でコンフィグレーション出来るか

ですが、p 51に記載があった。

VCCO_4, VCCO_5 を 3.3V にする。これでしきい電圧が変わるそうです。
VCCAUX に 2.5V を入れる。入力ピンは2.5V までしか受け付けないので、ピンへの電流を10mA以下にする抵抗を入れる。入れるといってもあまり大きいとノイズによる影響を受ける。として詳しくは書いていない。

そういえば、なひたふさんのＨＰに、この手の話題が書いてあったなあ。（読んでなかった）

で、なひたふさんの所見てきた。感想・・・うーむ物持ちがいいなああ。私なんか昔買ったHDLのプリンターケーブル基板なんか行方不明になっているよ。
というより、普通は紛失したりしないものか。

まあ、ともかく DLC-008 には 100Ωが入っているので、壊す事はなさそうです。私はスパルタンが書ければいいので、とりあえずはいいです。
にしても、Spartan-3 のユーザーズマニュアル日本語版いいなあ。